Статья

Анализ геномных и биологических последовательностей один из важнейших разделов биоинформатики. Обнаружение сходств и различий геномных последовательностей достигается с помощью алгоритмов сравнения. Основной задачей, решаемой при сравнении биологических последовательностей, является определение подобия и выравнивания двух последовательностей для определения совпадения их знаков и подстрок. В данной статье рассматривается алгоритм Смита-Ватермана для выравнивания геномных последовательностей, определяется узкое место в производительности алгоритма, описывается несколько способов оптимизации вычислений и их недостатки, а так же приводится наиболее эффективная оптимизация алгоритма. В заключении подводится итог по оптимизации, и приводятся варианты её применения.